上帝看见人类已经彻底的败坏，到处显出他们的丧德败行，就对挪亚说：“人类的结局到了，因为他恶贯满盈，所以，我要把他们跟大地一起毁掉。你要为自己用柏木建造一只方舟，里面要有舱房，而且，内外都要涂上沥青。你建造的舟要长四百五十尺，阔七十五尺，高四十五尺。船顶要有高十八寸透光的窗，门开在船的侧面，全船要分为上、中、上三层。”
“看吧，我要使洪水在地上泛滥，淹没地上的一切生物，毁灭他们。但我要跟你立约，你和你的妻儿媳妇都可以一同走进方舟。在每一种动物之中，你要把雌雄一对的带进方舟，保存我们的生命。还有，各种飞鸟、牲畜和爬行的生物，都要按种类、每样一对地带进方舟去，保存它们的生命。你还要为自己带备各种食物，贮存起来作粮食。”挪亚就照着上帝所吩咐的，把事情全部办好了。
主对挪亚说：“你和你一家都进方舟去吧！因为在这世代当中，只有你在我眼中是正直的。你要同带洁净的动物每样七对，不洁净的动物每样一对，空中的飞鸟也各带七对，这样是叫它们将来可以在地上繁殖。因为七天以后，我就要四十昼夜不停地往地上降雨，毁灭我亲手所造的一切生物。”
凡上帝所吩咐的，挪亚都依言办好了。洪水泛滥的时候，正是挪亚六百岁的那一年。挪亚和他的妻儿媳妇都进了方舟，躲避洪水。洁净的动物和不洁净的动物、飞鸟和地上的一切爬行生物，都像上帝所吩咐的一样，一对一对走进了挪亚的方舟。
这样过了七天，洪水就开始泛滥在地面了。就是在挪亚六百岁那一年的二月十七日那天，所有地下的水泉和洪流涌溢开来，天上的水源也敞开了。雨倾盆般的倒在地上，在四十昼夜之久。在那天，挪亚和他儿子闪、含、雅弗，还有挪亚的妻子和三个媳妇，都进了方舟。所有的野兽、牲畜和各样的地上爬行的生物、 飞鸟都按着种类，一对一对地走进了挪亚的方舟。之后，上帝就为他们关上了门。
洪水在地上泛滥了四十天，水不断地往上涨，把方舟也漂了 起来。洪水来势汹汹，淹盖大地，方舟却安稳地漂浮在水面上。 水势愈来愈大，把地面各上的高山都淹没了。最后，水面比山岭还要高出二十二尺。世界上所有的生物，包括飞鸟、牲畜、野 兽、爬行的动物，以及人类都死了。在陆地上所有用鼻孔呼吸的 生灵全都死了。主就这样毁灭了地上所有的生物，包括人、动物、地上的爬虫，以及空中的飞鸟，只剩下挪亚和那些跟他同舟 的人和动物了。洪水淹盖大地共达一百五十天之久。
上帝顾念挪亚和舟里的人和动物，就使强风吹扫大地，水便逐渐消退了。地上的洪流和天上的水源都关闭，雨也停了。于是，这样过了一百五十天，水势慢慢退下去了。到了七月十七日，方舟终于停搁在亚拉腊山上。水继续消退，直到十月。在十月一日那天，高山的顶端都露出来了。
又过了四十天，挪亚打开方舟的窗子，放出一只乌鸦，它一直在空中盘旋，等候地面的水干了才好停。后来，挪亚再放出一只鸽子，用它来试一试水退的情形，可惜遍地仍然是水，鸽子找不到歇足的地方，就只有飞回方舟来了，挪亚就伸手把鸽子接过来，把它带进方舟去。
又过了七天，挪亚再把鸽子放出去，到了黄昏，鸽子飞回来，嘴里衔着一片刚扯下来的橄榄叶，挪亚便知道水已经退了。再过七天，他又放出鸽子，这次鸽子不再回来了。
挪亚六百零一岁的那年一月一日那天，地上的水都退干了。挪亚开门观望，地上的水退净了。到了二月二十七日，大地全干了。于是，上帝对挪亚说：“你和妻儿媳妇可以出舟来了。你要把和你同在舟里的所有飞鸟、动物和一切爬行生物都带出来，让它们在地上繁殖滋长吧。 于是，挪亚全家和方舟里的其他所有”生物，都按着种类出舟来了。
挪亚筑了一座坛，把各种主认为洁净的动物和雀烧献给上帝。上帝嗅到这燔祭的香气，心里就说：“我再不会因为人的缘故咒诅这地，虽然人从小就心存恶念，但我再也不会像先前一样毁灭一切生物了。大地一息尚存，春播秋收，夏热冬寒，白昼黑夜，必定循序不息。”